Macross Fr es una serie de mechas creada para conmemorar el 25 aniversario de Macross. Comenzó sus emisiones con un especial de TV llamado Deculture Edition el cual sirvió de abrebocas para lo que sería la serie como tal. Esta serie sigue la cronología original de Macross (que va desde The Super Dimension Fortress Macross, pasando por Macross Plus, Macross 7 y finalmente esta parte). Según los fans, esta serie pretende revelar algunos misterios del universo de Macross, como la suerte de la tripulación del Megaroad 1 donde Lynn Minmay, Hikaru y Misa iban a bordo, pero sigue siendo un rumor.

La historia se desarrolla en el año 2059 donde la humanidad ha prosperado después de enfrentar el inminente peligro de la extinción luego de la mortal "lluvia de la muerte" provocada por la flota de la raza alienígena de gigantes conocida como los Zentraedi. La humanidad se ha esparcido finalmente por el espacio abordo de flotas migratorias en busca de nuevos mundos que sean habitables. Una de estas flotas es la numero 25 o mejor conocida como Macross Frontier la cual alberga alrededor de unas 10 millones de personas. Al comienzo de la serie la flota recibiría a la Idol Pop Sheryl Nome quien tendría un concierto en dicha colonia.

Los protagonistas de la historia son Alto Saotome, un joven estudiante y que se gana la vida haciendo trabajos de medio tiempo (uno de estos trabajos era precisamente formar parte del numero del concierto de Sheryl) y Ranka Lee, una chica que trabaja en la cadena de restaurantes Nyan Nyan (cadena de restaurantes propiedad de los tíos de Lynn Minmay) y Finalmente Sheryl Nome: la idol de esta serie. Mientras tanto en el espacio exterior algo terrible está por ocurrir.